La directive 2000/60/CE, dite directive-cadre sur l'eau (DCE), établit un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau. Elle prévoit plusieurs étapes de mise en œuvre, chacune donnant lieu à un rapportage : sur la délimitation des bassins et la désignation des autorités compétentes (2003), sur l'état des lieux (2005), sur la définition des programmes de surveillance (2007), sur les plans de gestion et les programmes de mesures (2009), sur le bilan à mi-parcours des programmes de mesures (2012), les deux derniers étant désormais répétés tous les 6 ans. Le rapportage sur les plans de gestion effectué en mars 2010 intègre les données des précédents rapportages.

Les directeurs de l'eau des États membres et la DG Environnement de la Commission européenne ont convenu d'intégrer progressivement les rapportages pour la DCE et des autres directives dans un processus unifié autour du système d'information WISE. Le premier rapportage électronique (sous formes de jeux de données) a été effectué en 2005-2006 en complément de la synthèse de l'état des lieux qui avait été rapportée en mars 2005 ; depuis le rapport de mars 2007 sur les programmes de surveillance, le rapportage se fait uniquement par voie électronique, à travers l'interface Reportnet (Central Data Repository>) de WISE. Les spécifications de ce rapportage sont élaborées dans le cadre de la stratégie européenne de mise en œuvre de la DCE et approuvées par les directeurs de l'eau des États membres. Selon ces spécifications, les rapports électroniques rassemblent des documents structurés au format XML et des couches de données géographiques au format GML.

Les rapports transmis à la Commission sont accessibles dans la rubrique France > European Union (EU), obligations > Water Framework Directive de Reportnet. Des copies de ces rapports figurent sur ce site, la version de référence étant toujours celle figurant sur Reportnet. Chaque obligation de rapportage peut donner lieu à plusieurs versions des rapports, suite à des rapportages correctifs ou complémentaires effectués à la demande de la Commission européenne ou de l'État membre : seule la dernière version est présentée sur ce site.

La direction de l'eau et de la biodiversité (DEB) du ministère en charge de l'environnement est responsable du rapportage à la Commission européenne sur la mise en œuvre de la DCE. Pour la réalisation de ce rapportage, elle a mis en place un dispositif de rapportage interne, permettant la préparation de l'exercice, la collecte et la vérification des données et l'élaboration des rapports, coordonné par l'Office français de la biodiversité (OFB). Y ont contribué, outre les services de la DEB et de l'OFB, ceux des agences de l'eau, des délégations de bassin, de la direction générale de la santé et des agences régionales de santé, de la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture du ministère chargé de l'agriculture, ainsi que du BRGM.