La Directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 dite Directive "Nitrates" vise à protéger la qualité de l'eau à travers l'Europe en prévenant la pollution des eaux souterraines et superficielles par les nitrates provenant de sources agricoles et en promouvant l'usage des bonnes pratiques agricoles. Sa mise en oeuvre contribue donc pleinement à l'atteinte des objectifs de la Directive cadre sur l'eau (DCE). Ce sont des instruments clé pour la protection des eaux vis-à-vis des pression agricoles.

La mise en oeuvre de la directive "nitrates" impose aux états membres :

1. Identification des eaux de surface et souterraines touchées par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l'être;
2. Désignation des zones vulnérables qui sont toutes les zones connues qui alimentent les eaux identifiées;
3. Etablissement de codes de bonnes pratiques agricoles à mettre en œuvre volontairement par les agriculteurs;
4. Elaboration de programmes d'action à mettre en œuvre obligatoirement par tous les agriculteurs qui opèrent en zones vulnérables;
5. Transmission à la Commission européenne d'un rapport d'évaluation tous les 4 ans présentant notamment l'évolution de la qualité des eaux, la carte des zones vulnérables et les mesures prises dans les programmes d'actions.

La Directive Nitrates prévoit la réalisation d'une campagne de surveillance des concentrations en nitrates dans les eaux douces au moins tous les quatre ans pour évaluer d'une part les effets des programmes d'actions mis en œuvre et pour réexaminer d'autre part la délimitation des zones vulnérables. Pour répondre à ces exigences, la France a mis en œuvre un programme de surveillance de la concentration des eaux en nitrates d'origine agricole sur l'ensemble de son territoire, en application de l'article R211-76 du code de l'environnement. A ce jour, sept campagnes de surveillance se sont déroulées :

• 1ère campagne : du 1er septembre 1992 au 31 août 1993 ;
• 2ème campagne : du 1er septembre 1997 au 31 août 1998 ;
• 3ème campagne : du 1er octobre 2000 au 30 septembre 2001 ;
• 4ème campagne : du 1er octobre 2004 au 30 septembre 2005 ;
• 5ème campagne : du 1er octobre 2010 au 30 septembre 2011 ;
• 6ème campagne : du 1er octobre 2014 au 30 septembre 2015 ;
• 7ème campagne : du 1er octobre 2018 au 30 septembre 2019.

Les données sont produites notamment par les agences de l'eau et les agences régionales de santé (ARS), qui les fournissant aux Directions régionales de l'Environnement de l'Aménagement et du Logement (DREAL) de bassins responsables du réseau.

La direction de l'eau et de la biodiversité (DEB) du ministère chargé de l'environnement est responsable du rapportage à la Commission européenne sur la mise en oeuvre de la Directive Nitrates. Pour la réalisation de ce rapportage, elle a mis en place un dispositif de rapportage interne, permettant la préparation de l'exercice, la collecte et la vérification des données et l'élaboration des rapports, coordonné par l'Office français de la biodiversité (OFB).

Les éléments rapportés comprennent donc:

• Un rapport en deux parties: un partie "eau" décrivant sur la base des données de la campagne, la qualité des eaux de surface et souterraines vis-à-vis des Nitrates et de l'eutrophisation et une partie "agricole" s'attachant à décrire les évolutions des activités agricoles sur le territoire, ainsi que les programmes d'actions et leur incidence.
• Des tableaux de données comprenant pour la description des stations du réseau en eau de surface et en eau souterraine, les résultats du suivi en nitrates et pour les eaux de surface les résultats du suivi pour les autres paramètres liés à l'eutrophisation, ainsi que l'état trophique.

Les rapports et les données transmis à la Commission sont accessibles dans la rubrique France > European Union (EU), obligations > Nitrates Directive Report (91/676/EEC).