En application de la directive, la France a mis en place depuis 1992 un programme de surveillance reposant sur des campagnes de mesures réalisées environ tous les quatre ans. Ces campagnes de mesures donnent lieu à des analyses de données et à la réalisation de rapports de synthèse, transmis à la Commission européenne. Ils permettent d’une part d’évaluer les effets des programmes d’actions mis en oeuvre et d’autre part de réexaminer la délimitation des zones vulnérables. Ils sont également complétés par une analyse des activités et pratiques agricoles.