Les documents de référence regroupent deux grandes catégories de documents.

La première catégorie recouvre les documents de référence qui contribuent à la réalisation du rapportage  à la commission européenne. Il s'agit des éléments techniques et de guides qui permettent de faciliter la production de données. Ces éléments se présentent sous deux formes : un guide national produit conjointement par ONEMA /Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement, ainsi que des modèles de données (xsd) produits par la Commission Européenne.

La deuxième catégorie recouvre les documents de référence nationaux produits par le Ministère de l’Ecologie, du Développement Durable, des Transports et du Logement. Il s'agit des éléments de cadrage politique et de doctrine qui permettent de faciliter la production de données. Ces éléments se présentent sous trois formes : Circulaire, Arrêté et Guide méthodologique.